این قلعه دارای چهار برج در چهار گوشه و فضاهای داخلی می‌باشد ورودی قلعه در جبهه غرب آن واقع شده است. مهمترین بخش های معماری داخلی قلعه شامل صحن مرکزی با نقشه مربع، که در هر ضلع آن دو راهرو و در دو طرف و یک اتاق در وسط قرار دارد.
در گوشه جنوب شرق صحن و قلعه و در مجاورت برج جنوب شرقی یکی از جالب توجه ترین بخشهای معماری قلعه وجود دارد. این بخش که از لحاظ نقشه دارای نقشه چلیپایی شکل و به صورت چهارطاق می‌باشد، در گوشه جنوب غرب خود دارای زائده‌ای شبیه محراب می‌باشد. این بخش که مسجد قلعه می‌باشد، سقف آن فرو ریخته اما وجود بقایایی از پای قوسها نشان دهنده نحوه پوشش آن است به این صورت که حدفاصل هر دو جرز یک طاق یه احتمال زیاد جناغی وسپس در مرکز چهارطاق گنبدی اجرا شده است. این بخش که ارتفاع آن بسیار زیاد و برابر با مجموع دو طبقه سایر بخش ها می‌باشد، در ضلع شمال خود بوسیله یک درگاهی به یک راهرو و سپس صحن بنا ارتباط دارد. در دو گوشه شمال غرب و شمال شرق صحن دو عنصر معماری دیگر وجود دارد که شامل فضای مربع شکل می‌باشد. این فضا دارای هشت جرز در چهارگوشه و چهارضلع و یک ستون در مرکز می‌باشد. پوشش این بخش نیز با توجه به شواهد شامل چهارگنبد چهارترک بوده است. سایر بخشهای معماری این بنا راهروها، اطاقها، برجها و حصار می‌باشد. فضاهای داخلی بنا در بعضی نقاط دو طبقه و در برجها حتی تا چهارطبقه نیز می‌رسد.
قلعه قیس آباد مربوط به دوره قاجاریه در تاریخ 23/06/1382 با شماره 10189 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
