در خصوص زمان ساخت مسجد جامع خوسف سند معتبر و مطمئني وجود ندارد.بنا بر آنچه در ميان مردم خوسف به نقل قول از تاريخ حسامي مشهور است كار احداث اين بنا در سال 45 ه . ق همزمان با امامت امام حسن مجتبي (ع) آغاز شده و در سال 61 ه . ق به پايان رسيده است. هر چند اين ادعا جاي بحث دارد اما به عنوان يك نظريه در خور تأمل است.
كتيبه سنگي موجود در سردر بنا بيان كننده تعمير آن در سال 1237 ه.ق و توسط ملا علي اكبر خوسفي مي باشد.
بنا داراي دو ورودي است كه يكي در ضلع شمال شرقي و ديگري در ضلع شمال غربي واقع شده است. مهمترين عناصر معماري بنا شامل ورودي ها، صحن، شبستان تابستاني، شبستانهاي ملاعلي اكبر، شبستان عبدالخالق و قسمتهاي نو ساز مسجد مي باشد.
جبهه شمال شرقي بنا كه ورودي اصلي بنا در آن قرار دارد به طور كامل در سال 1405 ه . ق با سازي شده است و از لحاظ تاريخي ارزشي ندارد اما شبستانهاي جبهه جنوب غربي بنا يعني شبستان تابستاني و شبستانهاي ملاعلي اكبر و عبدالخالق بخشهاي تاريخي بنا به حساب مي آيند. شبستانها داراي ستونهاي قطور چهار ضلعي مي باشند كه پوشش آنها به صورت گنبدهاي چهار ترك و به كمك طاقهاي جناقي بر روي ستونها استوار شده است. شبستان عبدالخالق كه قديمي تر از شبستان ملاعلي اكبر است، داراي شش ستون و دوازده گنبد است.
شبستان ملاعلي اكبر كه درسال 1237 ه . ق تعمير شده داراي نه ستون و شانزده گنبد است. شبستان تابستاني نيز داراي چهار ستون و هشت گنبد مي باشد.
نقشه و سبك معماري اين شبستانها همه مشابه هم هستند و تنها تفاوتهاي جزئي در ابعاد و اندازه ها مشاهد ه ميشود، مساحت كل بنا 3600 متر مربع مي باشد كه 900 متر مربع آن را صحن فرا گرفته و اطراف صحن با طاقنماهايي به صورت جناغي تزئين شده است.