در خصوص زمان ساخت مسجد جامع خوسف سند معتبر و مطمئنی وجود ندارد.بنا بر آنچه در میان مردم خوسف به نقل قول از تاریخ حسامی مشهور است کار احداث این بنا در سال 45 ه . ق همزمان با امامت امام حسن مجتبی (ع) آغاز شده و در سال 61 ه . ق به پایان رسیده است. هر چند این ادعا جای بحث دارد اما به عنوان یک نظریه در خور تأمل است.
کتیبه سنگی موجود در سردر بنا بیان کننده تعمیر آن در سال 1237 ه.ق و توسط ملا علی اکبر خوسفی می باشد.
بنا دارای دو ورودی است که یکی در ضلع شمال شرقی و دیگری در ضلع شمال غربی واقع شده است. مهمترین عناصر معماری بنا شامل ورودی ها، صحن، شبستان تابستانی، شبستانهای ملاعلی اکبر، شبستان عبدالخالق و قسمتهای نو ساز مسجد می باشد.
جبهه شمال شرقی بنا که ورودی اصلی بنا در آن قرار دارد به طور کامل در سال 1405 ه . ق با سازی شده است و از لحاظ تاریخی ارزشی ندارد اما شبستانهای جبهه جنوب غربی بنا یعنی شبستان تابستانی و شبستانهای ملاعلی اکبر و عبدالخالق بخشهای تاریخی بنا به حساب می آیند. شبستانها دارای ستونهای قطور چهار ضلعی می باشند که پوشش آنها به صورت گنبدهای چهار ترک و به کمک طاقهای جناقی بر روی ستونها استوار شده است. شبستان عبدالخالق که قدیمی تر از شبستان ملاعلی اکبر است، دارای شش ستون و دوازده گنبد است.
شبستان ملاعلی اکبر که درسال 1237 ه . ق تعمیر شده دارای نه ستون و شانزده گنبد است. شبستان تابستانی نیز دارای چهار ستون و هشت گنبد می باشد.
نقشه و سبک معماری این شبستانها همه مشابه هم هستند و تنها تفاوتهای جزئی در ابعاد و اندازه ها مشاهد ه میشود، مساحت کل بنا 3600 متر مربع می باشد که 900 متر مربع آن را صحن فرا گرفته و اطراف صحن با طاقنماهایی به صورت جناغی تزئین شده است.
